Высушенные и зафиксированные мазки окрашивают. При простом методе окраски на мазок наливают несколько капель какого-нибудь раствора краски на 1,5-2 мин; затем краску смывают дистиллированной водой и высушивают.
    Окраска по Граму. Окраска получается лучше, если мазки фиксируют нагреванием. На фиксированный мазок кладут полоску фильтровальной бумаги, наливают на нее раствор кристаллвиолета карболового или же анилиновый раствор генцианвиолета. Через 1-2 мин краску сливают, полоску фильтровальной бумаги удаляют и, не смывая йодой, на мазок наливают раствор Люголя. Через 1-2 мин раствор сливают. Препарат помещают в 96°-ный спирт на 30-60 с для обесцвечивания, промывают водой и дополнительно окрашивают фуксином, разведенным 1 : 10 (10-30 с), или разведенным сафранином, нейтральротом (2-3 мин). Затем краску смывают водой, мазок высущивают чистои фильтровальной бумагой.
     При правильной окраске мазков грамположительные микробы будут окрашены в темно-фиолетовый цвет, а грамотрицательные - в цвет дополнительной краски (например, фуксином в розовый цвет).
     Окраска по Цилю-Нильсену. Кислотоустойчивые микробы обычными красками окрашиваются с большим трудом, но при окраске фуксином или другими карболовыми растворами красок прочно удерживают краску при воздействии обесцвечивающим веществом (спирт или минеральные кислоты). Кислото- и спиртоустойчивость характерны для микобактерий. Фиксированный на пламени мазок покрывают полоской фильтровальной бумаги, наливают на нее карболовый раствор фуксина и подогревают до появления паров. Затем нагревание прекращают и краску оставляют на препарате 2-3 мин. Затем пинцетом удаляют бумажку и промывают мазок водой. Обесцвечивают препарат 5- 10°/о-ным водным раствором серной кислоты 3-5 с (до желтоватого оттенка мазка). Вместо серной кислоты можно применить 5%-ный раствор азотной или 3%-ный раствор соляной кислоты. Мазок тщательно промывают водой. Споласкивают 96°-ным спиртом и снова промывают водой. Докрашивают 3-5 мин леффлеровской метиленовой синькой или водным раствором малахитовой зелени 1 : 1000. Краску смывают водой и препарат высушивают.
    Туберкулезные палочки окрашены в рубиново-красный, остальные кислото- и спиртоустойчивые - в синий цвет.
     Для окраски по Романовскому-Гимза лучше применять краску фабричного приготовления. Перед окраской готовят рабочий раствор из расчета 1 капля краски на 1 мл дистиллированной воды нейтральной реакции.
    Разведенную краску осторожно наливают в чашку, на дно которой положены стеклянные подставки. Мазок, фиксированный химически чистым метиловым спиртом, кладут на подставки так, чтобы он поверхностью касался краски, и оставляют на 0,5-2 ч. Затем промывают водой и высушивают на воздухе в вертикальном положении.
    Этим способом можно окрашивать спирохеты, биполяры и мазки крови.
     Окраска капсул. Способ Михина. Фиксированный мазок (преимущественно крови) окрашивают леффлеровской метиленовой синькой в течение 2-3 мин при подогревании (до появления паров). Затем краску быстро смывают водой и мазок высушивают фильтровальной бумагой. Капсулы окрашиваются в светло-розовый, а бактерии в темно-синий цвет. Для приготовления метиленовой синьки берут 30 мл насыщенного спиртового раствора метиленового синего, 1 мл 1%-ного водного раствора едкого кали и 100 мл дистиллированной воды. Для получения насыщенного раствора берут 10 г метиленового синего и 100 мл 96°-ного спирта и в течение трех дней настаивают при температуре 37°.