Для бактериологического исследования берут только живую рыбу, так как у погибшей быстро развивающаяся микрофлора затрудняет выделение возбудителей болезни. При взятии материала соблюдают правила асептики.
     Посуду для взятия проб (банки, колбы, пробирки, пипетки, чашки Петри и др. предметы) предварительно стерилизуют в автоклаве (при 1 ат 20-30 мин) или в сушильном шкафу (при 160- 170° 1-1,5 ч). Ведра, кастрюли, бидоны тщательно промывают теплой водой с мылом, ополаскивают кипяченой водой. Перед взятием живой рыбы посуду фламбируют и заполняют водой из водоема, откуда берут рыбу, или из артскважины. Руки тщательно моют и протирают тампоном, смоченным спиртом.
     На рабочем столе должны быть подготовлены: спиртовка, штатив с пробирками, чашки Петри с мясопептонным агаром, бактериологическая петля для посевов, пипетки Пастера, предметные стекла для приготовления мазков, шлифованное стекло, ножницы, скальпель, пинцеты, колбы для отбора проб, консервирующие растворы (в зависимости от необходимости: стерильный раствор глицерина с физиологическим раствором 1:1; 1, 2, 3, 4, 10 или 15%-ный раствор формалина, 70°-ный и 96°-ный спирт с формалином 2:1, жидкость Карнуа или жидкость Буэна, 2%-ный раствор борной кислоты, 0,5%-ный раствор карболовой кислоты, лимоннокислый натрий, 1 - 2%-ный гепарин, жидкость Шаудина, жидкость Барбагалло, спирт-эфир 1:1).
    Вначале делают первичные посевы на питательные среды.
     Рыбу берут в руки и бактериологической петлей делают соскоб с пораженного участка тела и жабр и вносят в пробирку и чашки Петри с твердыми питательными средами.
    Прежде всего исследуют материал, взятый из пораженных участков (язвы, абсцессы и т. п.). Перед взятием соскоба язвы промывают стерильным физиологическим раствором. Содержимое абсцессов набирают пастеровской пипеткой после прижигания шпателем места взятия. Кровь для посевов берут из сердца или хвостовой артерии. Первую каплю крови удаляют, а последующие 2-3 засевают на питательную среду.